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消毒剂主要分为三大类：氧化性、非氧化性及其他这些消毒剂可根据其活性化学成分进一步分类，例如氯、过氧化氢、醇类和季铵化合物。 氧化剂通过氧化过程破坏细胞膜和其他细胞成分发挥作用。 非氧化性消毒剂，例如季铵化合物，则通过不同的机制发挥作用，此外还有其他类型的消毒剂，例如酚类和醇类。
氧化消毒剂
氯化合物： 活性氯，例如次氯酸钠（漂白剂）中的活性氯，是一种快速有效的消毒剂。
过氧化氢： 在适当浓度下，过氧化合物是一种更安全、更可持续的选择。
过氧乙酸： 用于消毒医疗设备，通常与过氧化氢混合使用。
碘伏： 能穿透细胞壁并破坏新陈代谢的碘化合物。
非氧化性消毒剂
季铵化合物（QACs）： 由于其高效性和低成本，被广泛用于表面和设备消毒。
酚类物质： 过去在医院很受欢迎，但现在由于安全性和有效性问题，已经不太常见了。
其他消毒剂
醇类： 使细胞蛋白质变性，杀死细菌并使某些病毒失活。
戊二醛和其他醛类： 戊二醛用于对热敏感的医疗器械，但具有毒性。 邻苯二甲醛 (OPA) 是一种刺激性较小且用途更广泛的替代品。